وی در گفت‌وگو با برنامه‌ای در شبکه ماهواره‌ای «الحدث الیوم» در این باره گفت: «حقوق و وظایف مسیحیان در کشور اسلامی» عنوان رساله دکتری من بود و من از نگاه علمی به مباحث شریعت اسلامی پرداخته‌ام.
نبیل لوقا بباوی در ادامه توضیح داد: من قبل از نگارش این رساله، گفت‌وگوهایی با «محمود حمدی زقزوق»، وزیر اوقاف پیشین مصر داشتم و با وی در ارتباط با حقوق و وظایف مسیحیان در کشور اسلامی سخن گفتم.
این اندیشمند مسیحی همچنین تصریح کرد: «من در این پژوهش به این نتیجه رسیدم که از نظر قرآن و سنت نبوی، هیچ تفاوتی میان حقوق و وظایف مسلمانان و مسیحیان در کشور اسلامی وجود ندارد».
وی در ادامه افزود: مبانی و آموزه‌های صحیح دین اسلام در قرآن و سنت همه حقوق مسیحیان قبطی را به رسمیت می‌شناسد و اگر نقصی در اجرای این احکام وجود دارد، به اسلام مربوط نمی‌شود.
بباوی در پایان اظهار کرد: نتایج حاصله از این پژوهش حاکی از آن است که 99 درصد مسائل میان اسلام و مسیحیت مورد اتفاق است و مسلمانان و مسیحیان تنها در یک درصد مسائل با یکدیگر اختلاف دارند که آن هم مربوط به امور اعتقادی می‌شود/.