حاج آقا سیدمصطفی خمینی در 21 آذر ماه 1309 هجری شمسی در شهر مقدس قم در خانواده‌ای متدین و فرهیخته دیده به جهان گشود. او در دامان پدری بزرگوار و مادری پاک سرشت و محیطی معنوی رشد نمود. در سال 1324 به حوزه علمیه رفت و در کمتر از 6 سال تحصیلات حوزوی را به پایان رساند. در سال 1343 توسط حکومت پهلوی دستگیر و به ترکیه و عراق تبعید شد و در اول آبان 1356 به طور مشکوکی به شهادت رسید.