جامعه قرآنی خراسان‌جنوبی سال‌هاست از مشکلاتی چون عدم توجه برای حضور در آوردگاه‌های بزرگ قرآنی، عدم استعدادیابی مطلوب، عدم توجه مناسب به فعالان قرآنی بومی، عدم توجه کافی به پتانسیل‌‌های قرآنی و نادیده گرفتن زیرساخت‌های مطلوب برای مسابقات رنج می‌برند. فعالان قرآنی خراسان‌جنوبی از این مشکلات و پیشنهادات برای رفع آن می‌گویند.