مؤسسات قرآنی خراسان‌جنوبی سال‌هاست از مشکلاتی چون عدم توجه مالی و بودجه‌ای، بی‌توجهی به فعالان قرآنی بومی، عدم توجه کافی به پتانسیل‌‌های قرآنی و زیرساخت‌هایی که هیچ‌گاه تأمین نشده‌اند رنج می‌برند. فعالان قرآنی اکنون از پیشنهادات خود برای رفع این مشکلات می‌گویند تا بتوان با هم‌افزایی اندکی از دردهای متوجه آموزش قرآنی را کاهش داد.