مدرسه علمیه خان، توسط محمدتقی خان بافقی، از والیان مشهور و خیراندیش یزد، در سال ۱۱۸۶ هجری قمری در بازار و بافت تاریخی یزد، در مساحتی به متراژ حدود ۲۹۱۰ مترمربع، در سه حیاط که دو حیات آن به صورت قرینه و یک حیات مرکزی بزرگ در میان مدرسه، با دو طبقه بنا شده است. سبک معماری این مدرسه، به اواخر دوران زندیه و اوایل دوران قاجاریه بازمی‌گردد و پیشینه تاریخی بزرگی برای شهر یزد محسوب می‌شود و در ایامی که درس و بحث طلاب تعطیل است، گردشگران داخلی و خارجی زیادی از این مدرسه بازدید می‌کنند.
یکی از نکات جالب توجه این مدرسه، راه زیرزمینی است که مدرسه خان را به مدرسه مصلای یزد متصل می‌کند و نشان‌دهنده آن است که اساتید و طلاب این دو مدرسه، از این طریق با هم ارتباط داشته‌اند.
