دانشگاه‌ها طی سال‌های 1357 تا 1359 نتواسته بودند آن‌طور که باید و شاید خود را با شرایط جدیدِ پس از زایش نظام جمهوری اسلامی وفق داده و همسو کنند، به همین دلیل امام خمینی(ره) برای حل این مشکل، انقلاب فرهنگی اعلام کرد تا اهداف انقلاب فرهنگی و تحول در دانشگاه‌ها رنگ و بوی عملیاتی‌تری به خود بگیرد. در پی این تصمیم ابتدا ستاد انقلاب فرهنگی و بعد بازوی اجرایی آن یعنی شورای عالی جهاددانشگاهی تشکیل شد و این شورا نیز در 16 مرداد سال 1359 «جهاددانشگاهی» را تأسیس کرد.
حدود دو سال از رویش انقلاب اسلامی ایران گذشته بود و ساختارهای حاکمیت یکی پس از دیگری شکل گرفته بود اما فضای دانشگاه‌ها آن‌طور که باید و شاید به تثبیت نرسیده بودند. امام خمینی(ره) برای حل این مسئله فرمان انقلاب فرهنگی را صادر کرد و در پی تشکیل جهاددانشگاهی، فضای دانشگاه‌ها به مرور از بی‌ثباتی و ناپایداری خارج و رفته رفته به تثبیت رسید.
جهاددانشگاهی میوه درخت انقلاب اسلامی است و هدف آن پیشرفت مراکز علمی و گسترش کمی و کیفی تحقیقات در دانشگاه‌هاست. این نهاد با اعتقاد به اینکه تحقیقات، پشتوانه و اساس توسعه و رشد فنّاوری ملی است، گسترش تحقیقات و شکوفایی استعدادها را در سطح جامعه، سرلوحه سیاست‌ها و برنامه‌های خود قرار داده است. اساسنامه این نهاد انقلابی در ۱۱ آذر ۱۳۶۵ بازنگری و تصویب شد و چهار سال بعد علاوه بر انجام فعالیت‌های علمی، تحقیقاتی و فرهنگی به‌عنوان پلی میان دانشگاه و صنعت انتخاب شد.