این کارگروه که به منظور تصمیم‌سازی درخصوص نحوه مواجهه فعال و خردمندانه از دیدگاه فقهی در چهارچوب ضوابط و مقررات محیط زیستی تشکیل شده است، برای توسعه و بسط مفاهیم دینی در حفاظت، احیا و بهره‌برداری عادلانه و عقلایی برنامه‌ریزی خواهدکرد.
معاون رئیس جمهور در این حکم، برخی از مهم‌ترین وظایف کارگروه فقه و محیط زیست را به این شرح تبیین کرده است: به‌روزرسانی مطالب معارف اسلامی درخصوص محیط زیست و استفاده بهینه از آن در رشته معارف اسلامی با نگاه محیط زیستی؛ به‌روزرسانی مطالب معارف اسلامی درخصوص محیط زیست و پاسخ‌گویی به سئوالات محیط زیستی با استفاده از فتاوی مقام معظم رهبری (مدظله‌العالی) و سایر مراجع عظام تقلید؛ تدوین متون محیط زیستی برای پاسخ‌گویی به سئوالات آحاد جامعه اسلامی؛ تلاش برای پاسخ‌گویی به نیازهای فرهنگی محیط زیستی جامعه اسلامی و فرهنگ‌سازی مناسب؛ ارائه طرح تربیت طلاب جوان برای تبلیغ معارف محیط زیستی اسلامی در استان‌های کشور؛ ارائه راهکارهای فقهی - حقوقی در شکل‌دهی تشکل‌های حامی محیط زیست با محوریت حکومت ولایی؛ یاری‌رسانی فکری به سازمان حفاظت محیط زیست با ارائه مستندات فقهی و تهیه پیوست‌های فقهی در تصمیم‌گیری‌های بنیادی در راستای عمل به فرامین انسان‌ساز در حکمرانی اسلامی.
رئیس سازمان محیط زیست همچنین در احکام جداگانه‌ای حجت‌الاسلام سیدعلی حسینی، حجت‌الاسلام یعقوب‌علی برجی و حجت‌الاسلام عزیزالله فهیمی را به عنوان اعضای کارگروه فقه و محیط زیست منصوب کرد.