قوه مجریه زیر نظر رئیس جمهور اداره می‌شود، رئیس جمهوری که از سوی مردم انتخاب می‌شود. جمهوری اسلامی ایران تاکنون سه مرتبه با جای خالی رئیس جمهور مواجه شده است. بار نخست در ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ وقتی مجلس شورای اسلامی، ابوالحسن بنی صدر را فاقد کفایت سیاسی تشخیص داد. دومین بار، ۸ شهریور ۱۳۶۰ وقتی شهید رجایی دومین رئیس جمهور به دست منافقین به شهادت رسید و سومین مرتبه شهادت آیت الله سیدابراهیم رئیسی در حادثه بالگرد در ۳۰ اردیبهشت ۱۴۰۳ بود. اما در همه این وقایع، قوه مجریه بدون کمترین مشکل به کار خود ادامه داده است.