متن پیام تسلیت حضرت آیتالله خامنهای به شرح زیر است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
درگذشت عالم مجاهد و خدوم مرحوم حجتالاسلام آقای حاج سیدمحمد شاهچراغی رحمةاللهعلیه را به مردم شریف استان سمنان و ارادتمندان و علاقهمندان ایشان و بهویژه خاندان محترم شاهچراغی و خانواده آن مرحوم تسلیت عرض میکنم.
سالها امامت جمعه سمنان و انس با عناصر انقلابی و جوانان و دیگر خدمات مردمی ایشان، از جمله امتیازات این سید بزرگوار و مستوجب تفضلات الهی است، رحمةاللهعلیه.