کتابخانه آیت اللّه گلپایگانی با مساحتی حدود دو هزار و یکصد متر مربع در طبقه زیر زمین مدرسه آیتاللّه گلپایگانی قرار دارد. این کتابخانه در روز سیزدهم رجب ۱۴۱۳ ه. ق مطابق با هفدهم دی ماه ۱۳۷۱ افتتاح شد. در روز افتتاح، کتابخانه دارای ۲۳۳۴۰ جلد کتاب چاپی و ۲۴۰۰ نسخه خطی بود.
هم اکنون کتابخانه دارای یکصد هزار جلد کتاب چاپی و چاپ سنگی است که نود هزار جلد آن، فهرست شده است. همچنین حدود دوازده هزار نسخه خطی که به زبانهای مختلف و گویشهای محلی است، فهرست شده است.
