به گزارش خبرگزاری بین‌المللی قرآن(ایکنا) به نقل از پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری، متن پیام رهبر معظم انقلاب به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
سرکار بانوی مکرّم همسر گرامی مرحوم آیت‌الله خاتمی اعلی الله مقامه
مصیبت درگذشت صبیه محترمه ام‌الشهید خانم خلیلی رحمة الله علیها را تسلیت می‌گویم و از خداوند متعال برای جنابعالی و دیگر بازماندگان صبر و اجر مسئلت می‌نمایم. خداوند آن مخدّره را با اولیائش محشور فرماید و مشمول رحمت و مغفرت قرار دهد.
سیّدعلی خامنه‌ای