کرامات زيادی از سيد محمد ديده شده است، ميرزا حسين طبرسی نوری در «نجم الثاقب»(کتابی در شرح احوال امام دوازدهم شیعیان و موضوع مهدویت) می‌نويسد:«سيد محمد، صاحب کرامات متواتر است، حتی نزد اهل سنت هم معروف است. مردم عراق و اعراب باديه نشين حتی می‌ترسند به نام او سوگند ياد کنند.»
مردم شهر سامرا ارادت ویژه‌ای به امامزاده سید محمد دارند. به گفته اهالی و مجاوران این حرم در زمان حمله داعش به شهرهای سامرا، بلد و صلاح‌الدین کرامت‌های خاصی از امامزاده سید محمد دیده شده است.
مردم این شهر معتقدند همان طور که در زیارتنامه امامزاده سید محمد آمده است، شر دشمنان این حرم به خودشان باز می‌گردد.
این امامزاده در شامگاه ۱۷ تیر ۱۳۹۵ مورد حمله تروریستی داعش قرار گرفت.سه تروریست انتحاری خودشان را مقابل ورودی مرقد سید محمد منفجر کردند که در اثر آن دهها تن شهید و مجروح شدند.
فیلم خبرنگار ایکنا از صحن و سرای امامزاده سید محمد