آیت‌الله العظمی سبحانی از مراجع تقلید، آیت‌الله اعرافی، مدیر حوزه علمیه سخنرانان محوری این مراسم بودند همچنین آیات خاتمی، حسینی بوشهری، کعبی، برخی از اعضای بیت مرحوم میرزای نائینی و نمایندگان عتبات عالیات، اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در این مراسم حضور داشتند.
حجت‌الاسلام والمسلمین احمد فرخ‌فال؛ دبیرکل کنگره بین‌المللی میرزای نائینی، اول آبان ماه در مراسم افتتاحیه این کنگره بین‌المللی که در مدرسه علمیه امام کاظم(ع) در قم برگزار شد با بیان اینکه بسیار مفتخریم که محفل ما به پیام نورانی قائد عظیم‌الشان مقام معظم رهبری آیت‌الله العظمی امام خامنه‌ای متبرک شد، گفت: مسئولان برپایی این کنگره به محضر مراجع تقلید در ایران و عراق رسیدند و از بیانات ایشان بهره‌مند شدند. همچنین از محضر مرجعیت نجف هم بهره‌مند شدیم و دست همه مراجع در عراق و ایران را می‌بوسم که ما را ترغیب و تشویق به برپایی چنین کنگره‌ای کردند و مقام معظم رهبری فرمودند که جای این کنگره برای بزرگداشت مرحوم نائینی خالی بود.
فرخ‌فال با بیان اینکه مراسم اختتامیه در مشهد برگزار می‌شود و مقام معظم رهبری دو مرتبه فرمودند که خوب شد که در مشهد هم کنگره برپا می‌شود، اظهار کرد: ارتباط صمیمی میان دو حوزه قم و نجف وجود دارد لذا در روز ششم آذرماه برنامه افتتاحیه کنگره در عراق، در نجف اشرف و روز هشتم آذرماه نیز اختتامیه این کنگره در جوار بارگاه ملکوتی حضرت اباعبدالله(ع) برگزار می‌شود و بنده از مسئولان عتبات عالیات و حوزه نجف به خاطر همکاری در برپایی این کنگره قدردانی می‌کنم.
دبیرکل کنگره میرزای نائینی با بیان اینکه موسوعه 41 جلدی آیت‌الله العظمی نائینی با همکاری عتبات عالیات و بیت آن مرحوم نوشته شد، ادامه داد: آثار کنگره زیر نظر آیت‌الله استادی و در کمیته‌های متعدد تالیف شد؛ مقالات در شش جلد منتشر شد که مجموعه آثار به 47 عدد می‌رسد.
همچنین آیت‌الله شیخ جعفر نائینی از نوادگان مرحوم میرزای نائینی در سخنانی به تقدیر از دست‌اندرکاران برپایی این کنگره پرداخت و گفت: بنده به نمایندگی از بیت آیت‌الله نائینی از بیانات حکیمانه رهبر عظیم‌الشان انقلاب مراتب تقدیر و تشکر خود را ابراز می‌دارم همچنین از بیانات مراجع معظم تقلید تشکر می‌کنم.
وی افزود: اینجانب در موقعیتی نیستم که بتوانم شمه‌ای از مکارم جد بزرگوار را بازگو کنم ولی اضافه بر بیانات عالمانه سخنوران معظم و محترم این اجلاسیه هر آنچه در این خصوص در دسترس ما بوده است در قالب زندگینامه ایشان با عنوان استوانه فقاهت مندرج شده است، ضمنا موسوعه ایشان جداگانه به چاپ رسیده است.
نائینی بیان کرد: امیدواریم کشور اسلامی ما که در تشرّف میرزای نائینی به محضر امام زمان(عج) به شیعه‌خانه تعبیر شده و حضرت وعده دادند ما آن را نگه می‌داریم امیدوارم از کید اعداء محفوظ بماند.
استاد حوزه نجف تاکید کرد: حوزه قم و نجف چشم و چراغ عالم اسلام هستند و انشاء‌الله در ذیل توجهات حضرت ولی عصر مسیر خداپسندانه خود را ادامه دهند و علما، عملا پیشرفت چشمگیری داشته باشند.
وی مجددا در خاتمه از بیانات رهبر عظیم‌الشان انقلاب در مورد میرزای نائینی تشکر کرد.
محمدحسین نائینی ملقب به شیخ الاسلام (زاده ۲۶ خرداد ۱۲۳۹ (۲۷ ذیقعده ۱۲۷۶ قمری) در نائین - درگذشته ۲۴ مرداد ۱۳۱۵ (۲۶ جمادی‌الاول ۱۳۵۵ قمری) در نجف) مجتهد و مرجع تقلید شیعه بود که بعد از درگذشت فتح‌الله غروی اصفهانی، مرجعیت عامه شیعه را برعهده داشت. او با نوشتن رسالهٔ تنبیه‌الامه و تنزیه‌المله نقش مهمی در تثبیتِ نظری جنبش مشروطه انجام داد.
از جمله حواشی مراسم امروز، برخورد نامناسب تیم حفاظت با خبرنگاران بود، در حالی که از قبل لیست اسامی خبرنگاران رسانه‌های مختلف از آنان دریافت شده و مورد تایید قرار گرفته بود. همچنین در بدو ورود وسائل همراه خبرنگاران چک شد و با وجود همراهی برخی اعضای تیم حفاظت، برخی دیگر مانع حضور خبرنگاران به سالن همایش شدند که با اعتراض زیاد خبرنگاران حاضر مواجه شد و بسیاری از خبرنگاران از پوشش این همایش منصرف شدند.
این برخورد در حالی صورت می‌گیرد که آیت‌الله العظمی سبحانی و آیت‌الله اعرافی از مردمی‌ترین شخصیت‌های حوزوی محسوب می‌شوند و این نوع برخوردها باعث ترویج نگاه منفی به حوزه و شخصیت‌های حوزوی می‌شود ضمن اینکه گرچه شخصیت‌های محترم حوزوی از عراق هم مهمان این اجلاسیه بودند ولی عمدتا جایگاه امنیتی نداشتند و نیازی به این مقدار حساسیت از سوی تیم حفاظت نبود.