از مهم‌ترین فعالیت‌های مدرسه پسرانه علم‌الهدی می‌توان به برگزاری جشن قرآن پایه‌‌های اول و دوم، جشن شکوفه‌ها، جشن عاطفه‌ها، اجرای طرح انتظامات مدرسه در راستای مسئولیت اجتماعی، جلسه بیان احکام، آموزش نماز دوره اول، 4 محفل انس با قرآن، ویژه‌برنامه شهادت شهید فهمیده و شهدای شاهچراغ، برنامه‌های هفته پدافند عامل، همکاری دانش‌آموزان در امورات مدرسه، اردوهای مختلف، اجرای طرح سه‌شنبه‌های مهدوی و بیش از 13 برنامه فرهنگی، قرائت وصیت‌نامه شهدا، تجلیل از مدافعان امنیت و ... اشاره کرد.
مهد شکوفه پیامبر اعظم(ص) نیز که زیر نظر این مؤسسه اداره می‌شود به برگزاری برنامه‌هایی نظیر آشنایی با مشاغل، ویژه‌برنامه‌های هفته کودک، بزرگداشت شهدای شاهچراغ، جلسات همیاری در پرتو قرآن، سه‌شنبه‌های مهدوی، 7 محفل انس با قرآن، کارگاه تربیت اجتماعی و ... پرداخته است.
مدرسه ثقلین نیز که به دختران دانش‌آموز دبستانی اختصاص دارد، برنامه‌هایی مانند ویژه‌برنامه هفته دفاع مقدس، جشن قرآن پایه اول، جشن عاطفه‌ها، نمایشگاه دستاوردهای تابستان، محفل ماهانه انس با قرآن، برنامه روز دانش‌آموز، پویش رفیق شهیدم، حضور مدافعان امنیت بین دانش‌آموزان، تدریس مسئله‌محور، استفاده از روش‌های فعال تدریس، برنامه‌های و روش‌های مراقبت شخصی و ... را اجرا کرده است.